สมุดบัญชี
   
  ระเบียบในการลงแบบฟอร์มบัญชี ที่อาจจะมีการระบุให้ผู้ซื้อแฟรนไชส์เก็บหลักฐานทางบัญชี อย่างพร้อมทุกข้อมูลและลงรายละเอียดรายรับ-รายจ่ายอย่างถูกต้องซึ่งเรื่องนี้เป็นสิ่งสำคัญ ที่ผู้ซื้อแฟรนไชส์ ควรจะปฏิบัติส่วนผู้ขายแฟรนไชส์ก็จำเป็นจะต้องมีระบบงานทางด้านรายงานทางการเงินที่ดีเพื่อใช้ในการวิเคราะห์ ข้อมูลต่างๆรวมทั้งเป็นการช่วยเหลือผู้ซื้อแฟรนไชส์ให้มีระบบงานที่ดีขึ้นด้วย

สิทธิในการตรวจสอบบัญชี
   
  แฟรนไชส์ส่วนใหญ่ จะมีการจ่ายค่ารอยัลตี้ฟีตามเปอร์เซ็นต์ หรือยอดกำไรซึ่งส่วนนี้จะเป็นยอดเงินเท่าไรก็อาจจำเป็นต้องมีการตรวจสอบบัญชีของผู้ซื้อแฟรนไชส์  สิ่งนี้อาจจะเป็นจุดอ่อนไหวที่อีกฝ่ายหนึ่งไม่ประสงค์ให้ตรวจสอบที่จะต้องมีการตกลงกันตั้งแต่เริ่มแรกและระบุในสัญญาว่าจะอนุญาตให้มีการตรวจสอบบัญชีในการทำธุรกิจหรืออาจมีการแต่งตั้งผู้ตรวจสอบบัญชีพิเศษขึ้นมาอีกก็ได้

การแข่งขัน
     เป็นปัญหาที่มักเกิดขึ้นเสมอ ที่ผู้ซื้อแฟรนไชส์เมื่อซื้อแฟรนไชส์ไปได้ระยะหนึ่งเมื่อทำธุรกิจเองได้แล้วก็อาจอยากเป็นผู้ขายแฟรนไชส์เสียเอง หรือไม่อยากชำระค่ารอยอตี้ฟีอีกต่อไปทำให้คู่ค้ากลายเป็นคู่แข่ง ซึ่งเป็นกรณีที่เกิดขึ้นเสมอ ดังนั้น สัญญาแฟรนไชส์ก็อาจจะมีการทำความเข้าใจในประเด็นนี้โดยอาจจะมีเงื่อนไขระบุในการห้ามค้าแข่งในธุรกิจเดียวกันในระยะเวลาที่กำหนดเป็นต้น

การไม่เปิดเผยความลับ
     การขายแฟรนไชส์ จำเป็นจะต้องถ่ายทอดวิชาเฉพาะธุรกิจนั้นๆให้ผู้ซื้อ เช่นร้านอาหารอาจจะมีเคล็ดลับเรื่องสูตรอาหารหรือกลยุทธพิเศษในเรื่องของการทำการตลาดโดยเฉพาะอย่างยิ่งในการเปิดเผยคู่มือในการทำธุรกิจที่มีรายละเอียดทุกอย่างที่เจ้าของแฟรนไชส์ได้ศึกษาขึ้นมา ด้วยประสบการณ์เป็นเวลานานเมื่อได้ถ่ายทอดให้แก่ผู้ซื้อแฟรนไชส์ไปแล้วอาจจะมีโอกาสที่จะถูกนำไปเปิดเผยได้ดังนั้นในสัญญาควรมีการกำหนดในเรื่องนี้ซึ่งเป็นหน้าที่ของผู้ซื้อแฟรนไชส์ที่จะต้องรักษาความลับแม้กระทั่งเลิกสัญญาต่อกันไปแล้ว